離婚後も子どもの親権者になりたいのであれば、子どもを連れて別居した方がいいでしょう。親権者を決める際に、夫婦間の協議で話がまとまらず、家庭裁判所にその判断を委ねる場合、家庭裁判所は、「子の利益」を基準にして判断します。子の利益については、

①一定年齢に達した子どもについては、子どもの意思が尊重される。
②乳幼児については母親が優先される。
③現状をできるだけ動かさないほうがよい。

この3点を重視して判断がされますので、子と一緒に生活をしているほうが、判断上有利に働きます。しかしながら、最優先に考えるべきは、子どもにとってどうすることが一番いいのか、と言うことになります。学校の問題なども含めて、どう別居するのかを決める必要があります。