夫婦間で合意のもとに別居をする場合であれば、離婚の際に不利になることはありません。しかし、離婚をしたい理由が夫以外の人と暮らす為であるとか、自分のやりたいことをする為など自分の都合であるような場合には、慰謝料の支払い義務が生じるなどの不利益が発生する場合があります。
また、夫の暴力から逃れる為などの、正当な理由がある場合には、自分から家を出ても離婚の際に不利になることはありませんが、正当な理由もなく一方的に別居を始めた場合などは、財産分与や慰謝料の話し合いの際に不利となる場合もあります。